secondo la Risoluzione allegata,  in un casi del genere le parti  "dichiarando   l'efficacia  retroattiva   dei  contratti,   hanno  finito  con l'enunciare   un contratto  verbale di locazione,  tra le stesse intervenuto e non  registrato".  

In data 29 gennaio 2013 ho stipulato per atto pubblico un contratto di locazione avente ad oggetto locali commerciali (negozio). Il contratto, predisposto dalla Curia che aveva autorizzato sulla base di tale bozza l’Istituto per il Sostentamento del Clero, prevedeva quale durata della locazione anni 9 con inizio dal giorno 1 gennaio 2013 e termine il 31 dicembre 2021. In perfetta buona fede ho registrato l’atto il giorno 6 febbraio 2013 e quindi nei trenta giorni dal rogito. 
In effetti anche a pag 10 del pamphlet “Registrare il contratto di locazione” diffuso direttamente dall’Agenzia delle Entrate si riporta esclusivamente che “La registrazione va effettuata entro trenta giorni dalla data di stipula del contratto”.
Ieri mi arriva in studio Avviso di liquidazione di imposta per Registrazione tardiva poichè, si scrive, la locazione decorre dall’1 gennaio ed è da tale termine che l’Agenzia fa decorrere i predetti 30 gg per la registrazione.
Ho chiesto all’Agenzia la norma dalla quale fanno discendere tale richiesta (peraltro poi ritrovata sul loro sito) e non me ne hanno dato conto.
Vorrei ricorrere in autotutela ma prima di tutto vorrei capire se ha ragione l’A.E. e torto io ad aver ignorato qualche prescrizione che mi imponeva in pratica di registrare il giorno dopo. Chiedo conforto a voi anche perchè, in quanto sanzione, non posso certo andare a richiederla poi ai clienti. Se avessi torto preferirei pagare entro 15 gg in modo da avere le sanzioni scontate ad un terzo. Purtroppo stiamo parlando di 1680 euro....

Risoluzione del 03/12/1990 n. 310603 - Min. Finanze - Tasse e Imposte Indirette sugli Affari 

Registro. Inapplicabilità delle sanzioni per la registrazione di un contratto di locazione con effetto retroattivo.

Sintesi: Relativamente ai contratti di locazione di immobili destinati ad uso diverso da abitazione, rinnovati con modifiche ad efficacia retroattiva, in seguito a declaratoria della corte costituzionale del 22/04/1985, si enuncia un contratto verbale di locazione, tra le parti intervenuto e non registrato. Tuttavia l'omissione risulta sanata da un precedente contratto ugualmente registrato e ancora in vigore alla data di stipula del nuovo contratto. 

Testo:

La  Banca ...,   in persona del suo rappresentante, ha chiesto di conoscere il parere  della Scrivente  in merito all'applicabilità della pena pecuniaria di cui  all'art.  69  del D.P.R.  131,  nel caso di registrazione di contratti di locazione, effettuata entro  i termini della sottoscrizione,  ma con effetto retroattivo.
L'istante   fa  rilevare   che,  a  seguito  della  declaratoria  della  Corte Costituzionale   del 22  aprile 1985,  relativamente ai contratti di locazione di  immobili destinati  ad uso diverso dall'abitazione, si era reso necessario stipulare  nuovi contratti  che apportavano modifiche,  sia in relazione  alla durata dei precedenti atti, che all'ammontare dei canoni.
Tali  contratti,  con  decorrenza 1 maggio 1986,  erano stati  successivamente sottoscritti   a  distanza   di alcuni mesi e sottoposti alla formalità della registrazione  entro il  termine di venti giorni,  previsto dall'art.  13  del D.P.R.   131,  decorrente   dalla  sottoscrizione dei medesimi,  mentre ancora erano   in   vigore   i   precedenti   contratti,   regolarmente   registrati.
Assume   al  riguardo   l'istante  che,  non  essendosi verificata l'omissione dell'obbligo   della  registrazione,   non  si  e'  realizzata  l'ipotesi  per l'irrogazione della sanzione.	
L'Ispettorato  Compartimentale delle  Tasse e II.II. ha ritenuto che le parti, "dichiarando   l'efficacia  retroattiva   dei  contratti,   hanno  finito  con l'enunciare   un contratto  verbale di locazione,  tra le stesse intervenuto e non  registrato".  Lo   stesso  Ispettorato  ha,  tuttavia,  rilevato  che  la violazione   dell'art.  69   del  citato  D.P.R.  131  non  sussisterebbe "ove l'omissione  risultasse sanata  da un precedente contratto  ancora  in  vigore alla data di stipula del nuovo contratto".
La   Scrivente,   esaminati   i  termini  della  questione,  reputa  di  poter condividere  la tesi  prospettata dall'Ufficio Ispettivo nel  senso  che,  ove risulti   comprovata  la   preesistenza  dei precedenti contratti regolarmente registrati   alla  data   di  stipulazione  dei  contratti  de   quibus,   non sussisterebbe   l'elemento  omissivo   che  giustificherebbe  l'applicabilità dell'art. 69 del D.P.R. n. 131.